L'apparition de ces carrés magiques est très ancienne. Nous les retrouvons dans d'autres cultures, notamment dans la tradition chinoise.
Cependant, leur utilisation est indissociable d'un des plus mystérieux kabbaliste du XVIe siècle, Rabbi Joseph Tsayah (1505-1573), lui-même influencé par l'école d'Abraham Aboulafia.
Dans la tradition hébraïque, lettre et chiffre ne forment qu'un, mais les carrés magiques ne sont pas de simples exercices numériques.
Ils représentent un mouvement subtil de lumière permettant d'exercer ce que la conscience ne peut directement appréhender. Ils ouvrent indirectement le regard sur une autre dimension, chose que les nombres nous apportent plus rationnellement.
Dans le système méditatif de Rabbi Tsayah, chaque carré magique est utilisé pour une méditation ayant une orientation particulière. Le dessin obtenu en suivant l'ordre des chiffres, forme une clavicule, un signe kabbalistique. Il existe 7 carrés correspondant aux 7 planètes. Le carré magique le plus simple est celui formé par un carré de base 3, chaque ligne et diagonale totalisant le nombre 15. La somme de chaque extrémité du carré est toujours de 10.
Les carrés représentés ici décrivent le mouvement d'énergie de la planète Saturne (Shabtai). Le Sefer Yetsira relie cette planète au peuple juif, qui utilisait traditionnellement ces carrés pour lutter contre la négativité.